A természettudományoknak az a feladata, hogy az anyagi világunkban tapasztalható jelenségeket, eseményeket, összefoglalva változásokat megértse. A megértésre való törekvés keresi a változások alapját, magyarázatát. A filozófia a változások lehetőségének végső feltételét a képesség és ténylegesség általi összetettségben találja meg. Azt azonban, hogy az egyes dolgokban lényegüknél fogva milyen képességek vannak, a dolgok lényegadó formája határozza meg. Fölülről, a filozófia oldaláról nézve tehát a természettudományok a dolgok lényegét (amelynek formai összetevője a lényegadó forma, anyagi összetevője pedig az elsődleges anyag) igyekeznek megismerni. A probléma az, hogy nekünk embereknek nincs közvetlenül a lényeget látó, a lényeget megismerő képességünk. Nekünk a lényeghez az érzékelhető jelenségek megismerése által kell eljutnunk, ezáltal tudjuk megragadni a lényeget, először homályosan, majd a megismerés, a tudomány haladása következtében egyre pontosabban, részletesebben, átfogóbban. A tisztán szellemi megismerésben (például az angyalok megismerésében) nincs szükség fokozatosan előrehaladó tudományra, kísérletekre elméletekre, mert ők „intuitívan” látják a dolgok mivoltát.
A természettudományok tehát az elsősorban a filozófia által fölismert lényegadó forma megismerésére törekednek, de ők ezt általában nem tudják, a tudományos tevékenység folyamán ettől eltekinthetnek. A jelenségek összefüggései, szabályszerűségei anélkül is kutathatóak, hogy tudnák, hogy ezek mögött végső soron a lényegadó forma áll. Ez tette lehetővé a filozófia és természettudományok újkorban bekövetkezett szétválását. Ez azonban nyilvánvalóan nem jelenti azt, hogy a természettudományok és a filozófia két teljesen idegen, összefüggéstelen világgal foglalkoznak. A két tudomány közti viszony leírására alkalmazhatnánk a mostanában sokszor használt „meta” szócskát is. A természettudományok foglalkoznak a természetben lévő változatosságban lévő egységgel, szabályszerűséggel, anélkül hogy feltennék a kérdést, hogy ez az egység, szabályszerűség egyáltalán miért van. Ezekkel a kérdésekkel a filozófia természettudományokhoz képest „meta” rendszere foglalkozik. A mai filozófia megközelítése sokszor ilyen alulról felfelé (bottom up) történő megközelítés.
A világunkban tapasztalható dolgok részekből állnak, ezek a részek ismét részekből állnak és így tovább. Ez a részekből álló összetettség azonban alapvetően különbözik a filozófia, metafizika által fölfedezett összetettségtől (szubsztancia-járulékok, képesség-ténylegesség, lényeg-létaktus, anyag-forma). A filozófiai összetettséghez az egység és a sokaság, az állandóság és a változás problémáinak az elemzése folyamán jutottunk el. Ezekben az összetettségekben az összetevők ugyan valóságosan különböznek egymástól, de semmilyen fizikai, kémiai, természettudományos elemzés nem tudja őket megkülönböztetni. Még sem lehet azt mondani, hogy a két összetettség független egymástól.
A természettudományos összetettséget legkiterjedtebben az élőlények „szerkezetén” lehet bemutatni. Az élő szervezetek szervekből, szerveket alkotó szövetekből, sejtekből, a sejteket alkotó molekulákból, a molekulákat alkotó atomokból, az ezeket alkotó elemi részekből állnak. Ennek a hierarchiának a tetején a szervezet áll, az alján pedig az elemi részek. Ezt a hierarchiát fogja közre a filozófia lényegadó formája és elsődleges anyaga. Minden önálló anyagi létezőben a formák hierarchiájának tetején a lényegadó forma van, a hierarchia legalján pedig formátlan anyag. A természettudományok számára azonban ennek a hierarchiának csúcsa és legmélyebb rétege közvetlenül nem elérhető, ezeket csak a filozófiai elemzés fedezi fel. A lényegadó forma és az elsődleges anyag azonban nemcsak egyszerűen közrefogja a természettudomány által megtapasztalható formákat, hanem ez egyben a teljes hierarchiát átjárja. Így például az élő szervezetet alkotó elemi részek sem vonhatják ki magukat a lényegadó forma általi megformáltságból olyan módon, mintha ezeknek csak az őket közvetlenül magába foglaló atomi szinthez lenne közük. A tomista filozófia szerint a szubsztanciákban csak egyetlen lényegadó forma van, amely közvetlenül megformálja a formátlan elsődleges anyagot. Ez az elv azonban nem jelent olyan homogenitást, ami tagadná a természettudományos összetettség tapasztalatát. Így például az élő szervezetbe beépülő dolgok (többek között a testünk háromnegyed részét alkotó víz molekulák) formái megszűnnek az elsődleges anyagot közvetlenül megformáló formák lenni, de ezzel együtt nem veszítik el a korábbi lényegadó formájuk alapján meglévő tulajdonságaikat, amennyiben ezek összeegyeztethetőek az élő szervezet egységével.
Amint láttuk az anyag-forma viszonyban a lényegadó forma képviseli azt a teljes meghatározottságot, ami által a teljesen meghatározatlan elsődleges anyag annak az anyaga lesz, ami a dolog. Azt is említettük, hogy ennek a viszonynak, meghatározottságnak a teljes tartalmát emberi értelmünk nem képes közvetlenül megismerni. Mégis ez a forma tükröződik az általunk megismert természeti törvényekben, emiatt lehet ezeket a törvényeket valamilyen értelemben általános törvényeknek tekinteni. Természeti törvények a valóságban, külön létezésként nincsenek. A természeti törvények létezési helye az emberi értelem, mégis a természet ezek szerint működik. Az általunk közvetlenül nem megismerhető lényegadó formából a természeti törvények megismerése által értelmünk valamilyen megformáltsága keletkezik. Ha helyesen ismertük fel a természeti törvényt, akkor értelmünk ezen formája részesedésként viszonyul a dolgot, dolgokat megformáló lényegadó formákhoz.
A fentiek megértésében segít ha az emberi megismerést tágabb környezetben nézzük. Isten számára a dolgok formája olyan, mint a tervező számára a megvalósult terv meghatározottsága, formája. Isten nem a megvalósulás alapján ismeri a dolgok formáját, hanem az Ő teremtő eszméiben. Ezért neki teljes ismerete van a dolgokról és egyedül csak neki van teljes ismerete. Az angyali ismeret is tisztán szellemi eredetű ismeret, jóllehet az ő esetükben nem beszélhetünk tervezőről és ezért a teljes megértésről sem. Az emberi megismerés azonban az érzékeléssel kezdődik, ebből kiindulva emelkedik fel a dolgok lényegének valamilyen szintű megismeréséig. A megismerendő forma ismeretkénti befogadása a megismerő képességeihez alkalmazkodva történik. „Quidquid recipitur per modum recipientis recipitur” – mondják a skolasztikusok, azaz a befogadás mindig a befogadó (létezésének) módja szerint történik.
A fentieket jól szemlélteti az is, hogy a tudományos megismerés útja az elméletek felállítása, majd ezen elméletek tökéletesítése, új elméletekkel való helyettesítése. Az elméletek a tapasztalatok összefoglalására, egységes magyarázatára törekednek. Minthogy azonban az egység közvetlen forrása, a lényegadó forma tartalma számunkra közvetlenül nem elérhető, a helyes elmélet is csak valamilyen részesedés révén forma, a teljesség nélkül. Ezért elméleteink nélkülözik a teljes véglegességet, az emberi megismerés a folyamatos haladás által történik.
Azt mondhatjuk tehát, hogy a hülémorfizmus, az anyagból és formából való összetettség a filozófia felfedezése. Ez a felfedezés is az érzékszervek tapasztalatából elinduló megismerés eredménye, amely azonban nem vezethet ezen formák „közvetlen látására”. A filozófia teljesítménye elsősorban arra vonatkozik, hogy ez az összetétel létezik, de a formák tartalmának felfedezése már főleg természettudományos módszereket igényel. A természettudományok végső soron ezeket a formákat kutatják, de nem feltétele az eredményes természettudományos kutatásnak az, hogy ezt tudomásul is vegyék. Ennek ellenére a természettudós számára is hasznos és termékeny lehet egy olyan szemlélet, amely figyelembe veszi a formák hierarchiájának természettudományok által közvetlenül nem elérhető filozófiai csúcsát és alsó határát. A kutatás ugyanis ezek felé halad, anélkül hogy a természettudományok ezeket elérnék. A biológiában a genetikai információ és program (DNS, RNS) felfedezése értelmezhető az élő szervezet lényegadó formájára való utalásként. Ezeken a (teljesen fel nem derített) mechanizmusokon keresztül valósul meg az élőlény formájából adódó egység és fejlődés dinamikája. Az elemi részek fizika általi kutatása viszont éppen a másik irányba halad. A minden anyagi dologba való beépülés lehetősége, az ennek megfelelő sajátosságok az elsődleges anyag felé mutatnak.