A 2. Vatikáni Zsinat legvitatottabb dokumentuma talán a vallásszabadságról szóló Dignitatis Humanae nyilatkozat. A téma szinte a zsinat elejétől kezdve napirenden volt, de végül is a zsinat végén, a negyedik ülés utolsó munkanapján (1965 december 7.) fogadták el. A vallásszabadság kérdése azóta is a zsinat tanítását az Egyház korábbi tanításával élesen szembeállító, szakadás hermeneutikáját követő irányzat egyik fő hivatkozási alapja. Szerintük itt a legnyilvánvalóbb, hogy az Egyház korábbi tanítását, nevezetesen a 19. század pápáinak tanítását felülírta zsinat. A Dignitatis Humanae nyilatkozat témája a vallás szabadságának a modern polgári állam által elismert joga, amelynek értelmében mindenki szabadon, minden kényszer nélkül választhatja meg és gyakorolhatja vallását. Ennek a jognak csak a közrend, a másik ember joga szabhat határt.
A Katolikus Egyház régebbi gyakorlata és tanítása szerint az egyetlen igaz vallás, a katolikus vallás érdekében, védelmében az állam is közreműködhet. Ennek a közreműködésnek tanúja a történelem és erről többször beszélt az Egyház Tanítóhivatala is. Csak egy idézet a nem is olyan régi időkből, a 19. századból: a Boldog IX. Piusz pápa által elítélt tévedések jegyzéke (Syllabus, 1864) szerint helytelen az az állítás, amely szerint „Az Egyháznak nincs joga arra, hogy erőszakot alkalmazzon, és sem közvetlen, sem közvetett időbeli hatalma nincsen” (DH 2924).
A Dignitatis Humane nyilatkozat határozottan állítja (2):
Ez a Vatikáni Zsinat kijelenti, hogy az emberi személynek joga van a vallásszabadsághoz. E szabadság abban áll, hogy minden embernek mentesnek kell lennie egyesek, társadalmi csoportok vagy bárminemű emberi hatalom kényszerítő hatásától, mégpedig úgy, hogy a vallás tekintetében senki se legyen kénytelen lelkiismerete ellen cselekedni, s ne is akadályozzák abban, hogy — jogos határok közt — magánéletében vagy nyilvánosan, egymagában vagy közösségben lelkiismerete szerint cselekedjék. Kijelenti továbbá, hogy a vallásszabadság valójában az emberi személy méltóságán alapszik, amint ez a méltóság mind az Isten kinyilatkoztatott szavából, mind magából az emberi értelemből megismerhető. Az emberi személy e jogát a vallásszabadsághoz a társadalom jogrendjében úgy kell elismerni, hogy polgári joggá váljon.
Első pillanatra ellentmondás látszik az Egyház előző tanítása és a Dignitatis Humanae között. Ez alapján egyesek kijelentik, hogy a katolikus tanfejlődésnek nagyobb általánosságban is tulajdonsága az, hogy a fejlődés előrehaladtával a régi tanítás és a jelenlegi tanítás között még ellentmondásban is megnyilvánuló szakadás lehet. Mások, így például Martin Rhonheimer, nem látnak szakadást a Szentírásból és az apostoli hagyományból származó alapelvek szempontjából. Rohnheimer szerint az állam funkciója, az állam és Egyház viszonya változott meg, és ennek helyes felfogása egy fejlődés eredménye, amely fejlődésnek fontos állomása a Dignitatis Humanae, amely kijavítja az Egyház korábbi (például a 19. század pápáinak) tanítását, amely a társadalom és az állam fejlődésnek egy meghaladott modelljét vette figyelembe. Vannak azonban, akik szerint az államról, az állam és Egyház viszonyáról szóló tanításon belül sem található szakadás. A Dignitatis Humanae fő témája nem ez, hanem az embernek méltóságából adódó szabadsága a világi állammal szemben. Ennek az álláspontnak a kidolgozója Thomas Pink angol filozófus. Az ezzel kapcsolatban kibontakozó vitáról jó áttekintést ad a Rorate Caeli blog bejegyzése.
A viták hátterében az a kérdés is meghúzódhat, hogy az állam mennyiben tekinthető a katolikus erkölcstan, filozófia olyan fogalmának, amelynek van olyan tartalma is, amelyet a fejlődés nem érint. Ez a kérdés abból a szempontból is fontos, mert az erre adott válasz segít eldönteni, hogy az állami berendezkedés utolsó évszázadokban bekövetkezett fejlődése minden szempontból helyes-e. Valószínű, hogy a 2. Vatikáni Zsinat atyáinak, szakértőinek jelentős (nagyobb?) része sok szempontból helyesnek tekintette ezt a fejlődést. Közöttük meg kell említeni John Courtney Murray jezsuita teológust, aki elsősorban az Egyesült Államokból érkező püspökök támogatását élvezte. Ők az amerikai államot olyan mintának tekintették, amely esetében a vallásszabadság alkotmányos jogának érvényesülése mintaszerű. Mégis, a vallásszabadságról és az Egyház és a modern világ viszonyáról (Gaudium et spes lekipásztori konstitució) szóló dokumentumokon jobban látszik Jacques Maritain hatása. Maritain meghaladottnak látja az állam és az Egyház közti kapcsolat középkori felfogását, amely szerint a „szent császárság” és a királyok eszközök voltak az Egyház lelki céljainak megvalósításában. Az Egyház és az állam kapcsolatát leíró három elvet azonban örök érvényűnek tekintette, de ezek az elvek a különböző korok feltételeinek és lehetőségeinek megfelelően nem ugyanúgy, de nem is teljesen eltérő módon, hanem analóg módon érvényesülnek. A tomista Maritain tehát a tomista filozófia által intenzíven használt analógia fogalmát alkalmazta az Egyház és az állam viszonyára. Az analógiát az egyértelműséggel helyettesítő maradi nem tud elszakadni a régi formáktól, az analógiát gyengítő progresszista pedig nem lát folytonosságot. Maritain három alapelve: (1) az Egyház szabadsága; (2) az Egyház lelki küldetésének felsőbbsége az ideig való, világi célokra irányuló állammal szemben; (3) az Egyház és állam közti szükséges együttműködés. Korunkban az Egyház szabadságát a modern állam által biztosított vallásszabadság keretei között kell biztosítani. Az Egyház lelki céljainak elsőbbsége és az együttműködés pedig nem állami intézkedéseken keresztül valósul meg, hanem a katolikus állampolgárokon keresztül, akik egyszerre tagjai az Egyháznak és polgárai az államnak. A lelki célok elsőbbsége tehát nem az állam hatalmának eszközkénti használatával, hanem a szabad lelkiismereten, a meggyőződésen és meggyőzésen keresztül érvényesül. Az együttműködésnek fontos területei például a nevelés, a szociális tevékenység.
Maritain személyesen nem vett részt a zsinat munkájában, mégis tomista alapokra épülő politikai filozófiája nagy hatást gyakorolt a Gaudium et spes és a Dignitatis Humanae dokumentumokra. Maritain a huszadik századi katolikus szellemi élet legjelentősebbjei közé tartozik, politikai nézetei befolyásolhatták az Európa háború utáni ujjáépítésében döntő szerepet játszó kereszténydemokrata politikusokat is (Robert Schuman a barátja volt). Felmerül azonban a kérdés, hogy a fenti három alapelvnél több nem mondható-e az állam és az Egyház közti kapcsolatról. Az Egyház hagyománya ennél többet mond, az államnak és az Egyháznak olyan szétválasztása, ami az újabb korban történt, nem feltétlenül a legjobb megoldás. Ez a kijelentés nem azt jelenti, hogy az állameszmének a fejlődését nem kell ténynek tekinteni és nem kell ezt figyelembe venni, hanem azt, hogy ezt olyan fejlődésnek is lehet tekinteni, amely nem minden szempontból jó. Enélkül a 19. századi pápák (Boldog IX. Piusz, XIII. Leó) Egyház és állam kapcsolatáról szóló tanítását tévedésnek kellene tekintenünk. Thomas Pink az egyházi, teológiai hagyomány alapján rámutat arra, hogy a Dignitatis Humanae kijelentései tulajdonképpen ennek a hagyománynak a következményei. A dokumentum szövege maga említi, hogy „a Szent Zsinat e vallásszabadságról tárgyalva ki akarja bontakoztatni az újabbkori pápák tanítását az emberi személy sérthetetlen jogairól és a társadalom jogrendjéről” (1). Az egyik következő bejegyzésben arról lesz szó, hogy a Dignitatis Huamane tanítása miért tekinthető például a 19. századi pápák tanítása következményének.