Amint arra az előző bejegyzésben utaltunk, a világban megtalálható anyag-forma kettősség felfedezése nem a természettudományok eredménye. Hogy a hülémorfizmus és a természettudományok viszonyát megérthessük, foglalkoznunk kell azzal, hogy a filozófia és a természettudományok miben is különböznek egymástól. Az arisztotelészi-tomista filozófia azáltal világítja meg a tudományok egymáshoz való viszonyát, hogy megmutatja, hogy az elvonatkoztatás, az absztrakció mely szintjei felelnek meg az egyes tudományoknak. Ezzel a kérdéssel már foglalkozott egy régebbi bejegyzés is, de most ismét visszatérünk ehhez a témához.
Szellemi megismerésünk kiindulása a térben és időben lévő, egyedi érzékelés. Értelmünk azonban ebből a térhez és időhöz kötött, konkrét érzékelés adataiból kivonja (absztrahálja) a szellemi értelem tárgyát, az érthetőt (intelligibile). Az érthető az anyagban van, az anyagban létezik, ennek nincs anyagon kívüli, „platóni” létezése. Anyagon kívüli létezést ez csak mint értelmünk ismerete nyer. Az elvonásnak három fokozatát különböztethetjük meg. Ezeket a fokozatokat azáltal jellemezhetjük, hogy megmondjuk, mi az anyag szerepe az egyes fokozatokban. Az első fokozat csak az érzékelés helyhez és időhöz, konkrét valamihez kötöttségétől vonatkoztat el. Így jutunk el az általános fogalmakhoz, mint amilyen például az ember, a víz vagy az elektron fogalma. Ezeknek a fogalmaknak a megértéséhez szükséges annak figyelembevétele, hogy ezek anyagi létezőkre vonatkoznak. Az elvonás első fokában tehát eltekintünk a konkrétságtól, de nem tekinthetünk el attól, hogy az így kapott általános fogalmak anyagi létezők fogalmai. Azt mondhatjuk, hogy az elvonás ezen fokozata által jutunk el a természetfilozófia és a természettudományok tárgyaihoz.
A második fokozat a matematikához vezet. Az anyagi létezők legalapvetőbb tulajdonságai a mennyiségi tulajdonságok. Minden egyéb tulajdonság a mennyiségre épül, ezek a tulajdonságok nem érthetőek meg a mennyiség nélkül. Maga a mennyiség azonban olyan értelemben lehet egy tudomány tárgya, hogy ez elveszíti anyagi vonatkozásait, a matematika tárgyaként ez mindenféle anyagi vonatkozás nélkül érthető tárggyá válik. Ugyanakkor azonban a mennyiségnek nincsen anyagtól (és értelmünktől) független léte, jóllehet több matematikus, fizikus gondolja azt, hogy a mennyiségek platóni világa az anyagtól és tőlünk függetlenül létezik.
Az elvonás első fokozatában eltekintettünk az egyediségtől, de nem tekinthettünk el az anyagi létezéstől. A matematikában az érthetőség szempontjából eltekintettünk az anyagi létezéstől, de ez nem jelentette egyúttal azt is, hogy a matematikai tárgyai nem anyagi eredetűek lennének. Az elvonás harmadik fokában azonban a metafizika olyan „tárgyaihoz” jutunk, amelyek már sem létezésükben, sem megértésükben nem kötődnek az anyaghoz. A metafizika magával a létezéssel foglalkozik, témája meghatározásában nem jelennek meg anyagi vonatkozások. Jóllehet a létezéssel anyagi világunkon keresztül találkozunk, itt fedezzük fel az egység és sokaság, az állandóság és változás problémáját, de a létezők probléma megoldása által felfedezett szerkezete semmilyen anyagi vonatkozást nem tartalmaz, ez a szerkezet nemcsak anyagi létező szerkezeteként jöhet szóba. Az egység és sokaság, az állandóság és változás a véges, korlátozott létezéshez kötődik, anélkül, hogy ezt leszűkítenénk az anyagi létezésre. A szubsztancia-járulékok, a képesség-ténylegesség, a lényeg-létaktus fogalompárok érthetőek anyagi vonatkozások nélkül, és jóllehet a körülöttünk lévő anyagi világ tapasztalatainak az elemzése által jutottunk el ezekhez, maguk a fogalmak már a létezés szálán sem kötődnek az anyagvilághoz. Ez az „anyagtól mentesség” azonban önmagában még nem jelenti azt is, hogy anyagtól mentesen léteznek ténylegesen korlátozott, véges létezők. Az anyagtól mentes korlátlan és végtelen létezéshez csak az istenérvek oksági elemzése vezet el, a tisztán szellemi, korlátos létezésről pedig elsősorban a kinyilatkoztatásból tudunk (angyalok).
Az anyag-forma kettősséget általában a metafizika keretében tárgyalják, jóllehet ezeknek a fogalmaknak megértése nyilván lehetetlen anyagi vonatkozások nélkül. Ennek oka az, hogy ez a fogalompár olyan egység és sokaság, állandóság és változás megértésére irányul, amely csak anyagi világunkban található meg. Itt az egység az egy fajhoz tartozó egyedekben a fajhoz tartozás által megnyilvánuló egység, a sokaság pedig az által adódik, hogy fajokat nem egyetlen egyed, hanem egyedek sokasága képviseli. Az anyag-forma fogalompár teszi megragadhatóvá azt is, hogy mi az, ami új szubsztanciák (például ember, valamilyen állat, valamilyen molekula) létrejötte és pusztulása folyamán állandó marad. Az állandóságnak ez az elve az (elsődleges) anyag. A skolasztikus filozófiát általában nem jellemzi az egyes szakterületek merev elhatárolása, az anyag-forma fogalompár a természetfilozófia alapvető kiindulópontja is. Megemlítjük még, hogy míg az anyagi valóságban csak megformázott anyaggal találkozunk, a formátlan (elsődleges) anyag önállóan nem létezik, hanem csak a formával egységben, addig a forma, mint meghatározottság nem szükségszerűen tételezi föl a befogadó anyagot. Így beszélhetünk a szellemi létezők formájáról is, ami nem befogadott, hanem önállóan létező forma (forma subsistens).
A régiek az elvonás első fokozatára alapozódó tudományokat nevezték fizikának. A régiek fizikája és a természetfilozófia nem alkottak külön tudományokat. A természettudományok természetfilozófiából való kiválása az újkorban kezdődött és mára ezek minden filozófiai kötödést nélkülöző, autonóm tudományágakká váltak. A továbbiakban most nem vizsgáljuk a természetfilozófia és a természettudományok közti pontosabb viszonyt, csak a filozófiai anyag-forma fogalompár és a természettudományok viszonyával foglalkozunk. Az anyag-forma fogalompár a teljes anyagi létezést átható (transzcendens) fogalompár. Az anyag és forma analóg fogalmak. Az anyag és forma közti vonatkozás hasonlósága jellemzi az anyagi létezést. A filozófia első lépésben csak ehhez az általános hasonlósághoz jut el, de nem adhat részletes tartalmi útbaigazást arra nézve, hogy az anyagi létezés különböző tartományaiban milyen sajátságok jellemzik a lényegadó formákat. A szaktudományok feladata annak részletes kibontása, hogy a lényegadó forma mint az egység és a működés elve, mint információ az adott tartományra nézve milyen működést (egységet) valósít meg. Így a filozófia közvetlenül nem lehet kiinduló pont a természettudományok számára. Amikor azonban a természettudományok eredményeit nagyobb, ezeket a tudományokat meghaladó összefüggésekben vizsgáljuk, a filozófiai értelmezés elkerülhetetlenné válik. Az is előfordulhat, hogy a filozófiai háttér befolyásolja egyes kutatók esetében a természettudományos kutatás irányát (de nem a helyesen felfogott eredményeit).
Van azonban egy olyan tudomány, amely ugyancsak transzcendenciára tart igényt, ráadásul ebben az esetben nem is analóg, hanem egyértelmű fogalomhasználatról van szó. Láttuk, hogy az anyag bármilyen megformázottsága esetén jelen van a mennyiség tulajdonsága. Ez minden anyagi létező tulajdonsága. A matematika tárgyaként a mennyiség minden anyagi vonatkozástól mentes, ezért tud a mennyiségről olyan ismereteket szerezni, amelyek az anyagi létezés sajátos módjait meghaladják. Ez azonban lehetővé teszi a matematika általános alkalmazhatóságát az anyagi létezés minden mennyiségi vonatkozására. Ezért a matematika az újkor kezdetétől valamilyen értelemben átvette a filozófia szerepét a természettudományok, elsősorban a fizika esetében. Olyan univerzális eszköz, azt is mondhatnánk nyelv lett ezen tudományok számára, amely a filozófia soha sem lehet. A matematika természettudományos alkalmazása igazi sikertörténet, átformálta a természettudományokat, mindennapi életünket. Fontos megjegyzés azonban az, hogy a matematika sikerének oka a mennyiségi vonatkozások általánossága, de ezek a vonatkozások nem merítik ki a teljes anyagi létezést.
A természettudományok általában nem érik el közvetlenül a dolog lényegét, ennek formai összetevőjét, a lényegadó formát. Ezek a jelenségek világával foglalkoznak, amely jelenségek a dolog lényegéből, természetéből, lényegadó formájából fakadnak, de mégsem teszik ezt közvetlenül elérhetővé, megtapasztalhatóvá. A lényegadó forma formai okként van jelen a természettudományokban, úgy, hogy ezt az okságot maguk a természettudományok közvetlenül nem tudják megtapasztalni. Ez a formai okság rejtve marad a természettudományok elől éppen módszerük miatt. Ez csak akkor válik felfedezhetővé, ha a természettudományokat a filozófia oldaláról közelítjük meg, ez azonban magukon a természettudományokon kívüli szempontot jelent. A következő bejegyzésben erről lesz szó.